Akibat aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kanak-kanak yang dipenuhi keterbatasan karena tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga SD. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan pendidikan di universitas Amerika terkemuka, meskipun memiliki prestasi yang tinggi di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek Presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, sehingga menyebabkan pengawasan terhadap rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh badan intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo menonjol sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, serta menjabat sebagai penyunting majalah sekolah. Perlu dicatat, selama waktu ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
